为了更好贯彻“教育面向现代化，面向世界，面向未来”的方针，适应“211工程”重点建设的要求，从而适应市场经济发展的需要，促进学校教学与科学研究向更高层次和目标发展，提高教学质量和学术水平， 1993年西安交大决定建立“校院系”三级组织体制，实行系办专业，院管教学和科研的管理模式。本着“加强传统学科的改造，大力发展新兴学科”的精神，学校决定在1993年底前，以成立电气工程学院、调整管理学院内部职能为试点，着手改革，以点带面，逐步推开，成熟一个，建立一个。在1994年，西安交大建成电气、机械、材料、能动、电信、化工、建工、管理、理学、人文十个学院。2000年，经国务院批准，西安交大与西安医科大学、陕西财经学院合并组成新的西安交通大学，重组成立经济与金融学院、医学院、药学院、口腔医学院、继续教育学院以及外语部、体育部，同时筹建生命科学学院等等，由此基本确立了今天交大的院系组织格局。

实际上，“校院系”制度并非新鲜事物，早在二十世纪二十年代末，交大就初步形成了机械工程、土木工程、电机工程和交通管理四大学院的格局。1928年，学校为加强工科建设，决定将原有的土木、机械和电机三科分别扩充为土木工程、机械工程和电机工程三个学院。1929年7月，国民政府颁布《大学组织法》后，校长孙科和副校长黎照寰既鉴于科学教育的重要，又鉴于“大学应有文、理、工三院方为完善，交大的管理、工程两院已有相当之历史，所缺者惟科学学院。”在1930年报经铁道部批准，将数理化三系扩充为科学学院。1931年，管理学院组建完成。至此，科学、土木、电机、机械和管理五大学院以及中国文学和外国文学两系的基本格局初步形成，直到抗战前组织体系变化甚微。1937年抗战爆发，国民政府教育部指示交大改革组织结构为工、理和管理三大学院，其中科学学院改为理学院，下设数、理、化3系；原电机、机械和土木三院均改为系，合并称工学院。抗战期间，交大分重庆和上海两地办学，胜利后渝沪两校合并，工学院新增航空、造船、轮机、化学、水利、纺织等系，学校规模扩大至3院17系。

新中国成立后，我国开始全面学习苏联模式，对原有的高等教育制度进行大调整，之前的“校院系”组织形式被“校系”所取代。1951-1952年，根据华东局教育部指示，交大管理学院取消，理学院调往复旦，工学院结合其他学校并入的机电类专业，形成机械、电机、造船3类共7个系的组织规模。1956年交大内迁西安后，随着新专业的扩建，系的数量不断增多（如成立无线电工程系、工程物理系等等），但校系的组织模式未变，直至1984年12月教育部批复同意我校成立管理学院。不过直到1994年以后，“校院系”组织模式才取代了“校系”模式。