1998年5月4日，在庆祝北京大学建校100周年大会上，江泽民同志向社会宣告：“为实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学。”为贯彻落实中共中央的“科教兴国”战略和江泽民同志的号召，1999年国务院批转教育部《面向2l世纪教育振兴行动计划》，决定重点支持北京大学、清华大学、南京大学、复旦大学、西安交大等9所高等学校创建世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学，简称“985工程”。我校继“211工程”之后，再次首批入选“985工程”重点建设大学之列，也是中西部地区唯一一所入选的重点大学。

1999年9月11日，教育部和陕西省人民政府签署协议，双方决定重点共建西安交大。双方除了投入巨额资金支持外，陕西省还将西安交大的改革与发展纳入陕西省的整体建设与发展规划之中，教育部则支持和鼓励西安交大在服务全国的同时，更大程度地参与和服务于陕西省和中国西部地区的建设与发展。双方将促使西安交大加快改革和发展步伐，使教育质量、学术水平和整体办学实力有显著提高。在高水平专门人才培养、高新技术研究和成果转让、高层次决策咨询等方面发挥作用，并做出积极贡献，努力成为世界知名的高水平大学。教育部希望西安交大立足西部，面向全国，走向世界，为陕西和中国西部的发展提供强有力的人才支持和知识贡献，成为我国特别是西部地区高层次创造型人才培养和知识创新的重要基地。

“985工程”一期建设从1999年10月启动，主要以学科建设为龙头，全面提高人才培养质量和整体科技创新能力。其中，我校传统优势学科得到进一步提升，新兴学科和交叉学科不断创建，学科结构进一步优化，基本完成综合性学科性布局。2000年，经国务院批准，我校与西安医科大学、陕西财经学院合并，成立新西安交通大学。学校重点学科由原来的11个，增加到20个，实现了理学和医学重点学科零的突破。

二期建设从2004年6月启动，其中科技创新平台和创新基地建设是重点。在一期建设基础上，二期提出跨院系、跨学科、跨领域组建科技创新平台和哲学社会科学创新基地的“2+4+2”框架。其中“2”是“创建以国家实验室为目标的西安制造科学与技术创新平台和能源科学与技术创新平台”；“4”是组建“以强化、提升和创建国家重点实验室及科研基地为目标的4个科技创新平台：信息综合技术研究院、西安高性能材料创新研究基地、生物医学与健康科技创新平台、网络信息社会的安全科技创新研究中心”；“2”是突出学校在管理、人口、文化艺术方面优势，组建“人口与经济社会可持续发展政策与管理创新研究基地、西部社会文化艺术研究基地”。

三期建设从2010年正式启动，任务是在前两期基础上，各方面建设要“上水平、上质量，实现重点突破”。