交通大学定名仅一年后，随着第一次直奉战争的打响，军阀混战带来政权更迭，也迫使新组建的学校于1922年解体分立。沪校再度冠以“南洋”校名，为交通部南洋大学，铁路管理科得以回归，唐校为交通部唐山大学，稍后京校命名为北京交通大学，直至1927年南京政府成立，三校再度合并。

南洋大学那几年，受国内不稳时局的影响，学校在最初的两年间五易校长，加之经费匮乏，已然举步维艰。期间，由于师生们不满当局政府干涉校务，多次爆发 “驱逐校长”的学潮运动。学生们要求撤换校长、恢复董事会、争取办学自主权的呼声响彻内外。持续的罢课、请愿行为给当局政府带来颇多压力，由此也造就了交大校史上任职最短及未到任即辞职的两位校长。一为南洋公学特班毕业的陆梦熊，时任交通部参事，任职仅一月，即被驱赶下台。另一位交通部参事雷光宇未上任便辞去职务。

学校这一混乱的局面直至本校毕业生淩鸿勋出任校长才有所好转。淩鸿勋于1924年12月至1927年3月间担任南洋大学校长。他掌校期间积极筹措经费，重视教学研究，继续发展国文和体育教育，秉承叶恭绰教研结合的理念，将“造就交通专门人才、力图高深学术之发展”的教育宗旨正式写入《交通部南洋大学章程》。在他的主导下，学校于1926年成立我国大学中第一个工业研究所，涉及工业科技、经济管理两大研究领域，并在校园举办规模宏大的工业博览会，搭建学校与实业界交流合作的桥梁，使学校成为国内最早将高等教育职能引向科学研究与社会服务的高等工业学府。他着手募捐兴建工程馆，主持建成了体育馆，在办学经费极为窘迫的情形下，仍极力争取到学校周边土地，为学校发展开辟了新的空间。

如果说交通大学的组建为学校的发展创造了一个更高的办学起点，南洋大学那几年的艰难前行则为交通大学迎来“黄金时代”铸下牢牢根基，而淩鸿勋和所有南洋师生们承前启后、奋力开拓的拼搏精神，无疑会令后人为之书写赞誉一翻。