新中国成立后，为改革旧中国不合理的教育格局，适应新中国经济全面恢复和发展的需要，建立社会主义的高等教育体系，我国仿效前苏联的高等教育模式、学校类型以及院校系科和专业的设置特点，对我国高等教育体系进行了大规模调整。按照教育部等相关部门要求，从1949年到1956年，交大大致经历了两次集中调整，由之前“理、工、管”为主体的工业大学，调整为“机、电”为主的多科性工科大学。

第一次调整时间为1949年到1951年，属个别院系调整，基本情况为：电信管理系调整到电机系；工业管理工程系调整到机械系；轮机系调整到造船系；上海暨南大学理学院全部调入交大；复旦土木系调整到交大土木系。

另有纺织系与私立上海纺织工学院合并成立华东纺织工学院，运输管理系调整到北方交通大学，财务管理系调整到上海财经学院，航业管理系并入上海航务学院。

经过1951年院系调整，交大管理学院撤销，原有的“理、工、管”3院17系1个专修科1个研究所格局，调整为“理、工”二院10系1个专修科设置。

第二次调整时间为1952年至1956年，属系科大规模调整。基本情况为：调入同济大学、大同大学机械系，同济大学、大同大学、震旦大学电机系，以及沪江大学电信组，分别组建机械类和电机类专业。

另外，交大理学院数理化三系并入复旦大学，土木工程系并入同济大学，航空工程系调出成立华东航空学院，水利工程系调出成立华东水利学院，化学工程系调出成立华东化工学院。交大汽车类专业调出成立长春汽车拖拉机学院，造船系调出组建上海造船学院，电话电报通讯专业调出组建成都电讯工程学院。

经过这次院系调整，交通大学形成机械类、电机类为主的多科性工科大学。

通过院系调整，交大成为一所多科性工科大学，机电类专业得到加强。调整出去的一批系科连同强大的师资、图书设备等与其他院校系科或合并，或成立一所新的理工学院，如华东化工、华东航空、华东水利、华东纺织工学院等等，为新中国高等教育体系的完善，做出了重要贡献。但从后来的发展看，调整中取消学校“理、工、管”结合的传统学科配置体系，分离“理工”，忽视“管理”的做法，是较为不妥的。