抗战胜利不久，国民党即发动内战。时局动荡、经费锐减，使得本可继续发展的交大又一次陷入危机之中。内战期间，学校人事更迭频繁，先后担任校长一职的有吴保丰、程孝刚、王之卓。

吴保丰（1899—1963），1921年毕业于交通大学电机科，1941年至1947年间担任交通大学校长。他在抗战最艰苦的岁月缔造了辉煌的重庆新校，而在风起云涌的爱国民主运动中，虽身为国民党中央执行委员，却深深同情学生，拒绝执行残酷镇压学生的指令。1947年护校运动爆发后，交大学生又投入到反饥饿、反内战、反迫害运动中。上海市政府曾动用军警意图镇压学潮。危急时刻，校长吴保丰冒着巨大风险，动用自己的汽车帮助中共地下党员冲出军警特务包围圈。为此，他遭到蒋介石的当面训斥，在高压下被迫辞职。

接替吴保丰的是程孝刚（1892—1977），著名机械工程学家。他曾于蔡元培掌校时担任交大的秘书长。1947年9月，在淩鸿勋等校友的强力推荐下，程孝刚就任校长一职。到校后，他提出“在安定中求发展”的方针，积极调整扩充科系、稳定充实教师队伍、努力恢复实验、实习课程、倡导开展科学研究，使学校一时间重现发展生机。然而，战时的纷乱怎容学校仍如象牙塔般平静？校园内呼唤民主、和平的呐喊声振聋发聩。面对波澜壮阔的学生爱国运动，程孝刚给予了支持与保护。他的这种正义行为当然为当局政府所不容，上任九个月即提出辞呈，在师生们一片“我们不愿您离开交大”的挽留声中， 怅然离去。

解放前任职的最后一位校长，是交大工学院院长王之卓（1909—2002），中国第一位航测学博士，1932年以年级第一的成绩毕业于交大土木系。1948年7月，王之卓就任校长一职。在校时，他改进课程、推进学术研究、广招师资、爱护学生，与师生们一起，冲过黎明前的黑暗，把学校带入社会主义新中国。