1946年8月，国立西北医学院汉中部分并入西北大学，成为国立西北大学医学院，自1946年8月中旬搬迁，历时两月完成迁校，落脚于西安市崇礼路（今西五路，原西北制药厂厂址）。1947年起开始筹建80张床位的附设医院，在学院毗邻新购院址，新建房舍68间。

正值解放战争开始，国内形势巨变，西北大学校长频繁更换。时物价飞涨，西北大学及教职员多次致电国民政府要求增加经费以便建设和维持正常发展。西北大学为医学院另聘全国著名教授多未到任。在侯宗濂院长1947年5月辞任前，医学院教师计有董克恩、李佩琳、陈作纪、汤泽光、陈阅明、王云明、翟之英、贾淑荣教授等30余人。内科学教授汤泽光1947年5月接任院长后，西北大学于1947年9月派校秘书翁世五负责主持医学院总务处及训导处行政事宜；因物资供应不能到位，严重影响工作进行，大部分教授及山东籍教师相继离校它往，师资力量大减。学校又聘外科学教授张同和、皮肤花柳科学教授刘蔚同、眼科学教授刘新民、内科讲师张时、内科学教授谢景奎等来校任教。附设大学医院1947年10月30日由汤泽光兼作院长，11月3日医院开诊，12月10日聘耳鼻喉科教授王立础为院长。汤泽光1948年辞任医学院院长后改由万福恩接任。万氏任期不到几月，即由西安总医院院长兼胡宗南部卫生处长李之琳代理。1948年11月中旬，国民党第一战区司令长官胡宗南到西北大学面示杨钟健校长，命令学校迁往四川成都。因全校师生拖延、迟滞、护校，使国民党迁校图谋未成，最终迎来1949年5月20日西安解放，西北大学被军事接管。解放前夕，医学院及附设医院被大量裁减人员，医院秘书张时号召大家宁可薪俸一人当成两人用，也要度过最困难阶段，为师资力量稳定做出重要贡献。

1949年7月，西北大学医学院及陕西省立医专师生支援解放西北之战伤救治。西安市军事管制委员会于8月发布命令，西北大学暂由校务委员会负责校务领导；省立医专并入西北大学医学院。校务委员会决定由委员侯宗濂负责医学院改革事宜。8月20日，西安市军事管理委员会将西五路146号原右任中学校址拨给医学院，计有土地70余亩，房屋80间。9月，医学院主办的《西大医刊》创刊。

1949年10月1日新中国成立；1950年4月28日，西北军政委员会会教高字第117号令，决定将国立西北大学医学院独立设置，改为“国立西北医学院”，任命侯宗濂为代理院长。5月3日，中央人民政府教育部批复并决定：西北大学医学院从西北大学分出，成立西北医学院，医学院迎来新的发展阶段。