与西方中世纪大学、近代大学形成的历史文化背景不同，中国大学的蓬勃兴起与曲折发展一直与国家民族命运息息相关。且不说时局震荡会带给学校怎样的重大变故，即便是隶属关系变更，随之而来的往往也是一次次的机遇与挑战。南洋公学自1905年收归清廷商部更名为“上海高等实业学堂”始，便告别了鼎故革新的“南洋公学”时代，进入“后南洋”①时期。
清廷商部设立于1903年，以应振兴商务之需。学校收归商部以后，监督（即校长）、代理监督一职均由商部要臣担任，办学方向也多为服务商部考虑。《商部上海高等实业学堂章程》中明确办学宗旨：“本学堂讲求实业，以能见诸实用为要旨”，“冀为振兴中国商业起见，造就人才”。
与传统理解“商”之含义不同，商部所设本意为“大约凡归入实业界者,皆得由直接管领”，而其实际管辖则包括农、林、牧、渔、工、矿、交通、学堂等多项要政。基于此，学校于1906年春开设商务专科，即为交大历史上第一个正式专科。数月后开设铁路工程班，教授数、理、化、建筑、地质、桥梁、水利等课程，视为学校初与交通实业结缘。
清末新政时期，想要通过改良缓解社会矛盾的清政府，在机构改革方面总是略显匆忙。刚刚成立不久的商部由于职能管理冗杂，将原来管辖的交通“四政”（铁路、电政、航运、邮政）分出，于1906年秋设立邮传部。次年，学校划归邮传部，更名为“邮传部上海高等实业学堂”。
学校改隶邮传部后，基于社会发展对工业交通人才的迫切需求，更加侧重于为交通“四政”培养人才，停办仅开设一年多的商务专科，于1907年将铁路工程班扩充为正式专科，这是学校历史上设立的第一个工程专科，随后又相继于1908年设立电机科，1909年设立航海科。
溯源历史，学校创办工业大学是以开办工程教育专科起步，校名中“交通”二字也于此萌生。
注①：“后南洋”是借用《百年淬砺电光开》（贾箭鸣 著，西安交通大学出版社2014年11月出版）一书中的提法。
